Uno de los principales objetivos del Museo Nacional de Historia Natural es recolectar, estudiar, preservar y exhibir muestras representativas de la biodiversidad y de otros recursos naturales de Guatemala. Su temática es de historia y ciencias naturales. Dentro de su colección se encuentran ejemplares disecados de mariposas, escarabajos y otros insectos, además de herbarios, aves, mamíferos y minerales de Guatemala.